ऐतिहासिक रूप से निरंकारी आंदोलन की स्थापना 19वीं शताब्दी की शुरुआत में बाबा दयाल सिंह द्वारा निराकार भगवान या निरंकार की पूजा को बढ़ावा देने के उद्देश्य से की गई थी। बाबा बूटा सिंह बाबा दयाल सिंह की शिक्षाओं से काफी प्रभावित थे और उन्होंने निरंकारी आंदोलन के संदेश को फैलाना जारी रखा। बाबा बूटा सिंह के नेतृत्व में संत निरंकारी मिशन की स्थापना 25 मई 1929 को हुई थी।
संत निरंकारी मिशन की स्थापना उनकी धार्मिक पृष्ठभूमि या समुदाय की परवाह किए बिना सभी व्यक्तियों को ईश्वर प्राप्ति, या 'निरंकार' प्रकट करने के उद्देश्य से की गई थी। बाबा बूटा सिंह ने आध्यात्मिक विकास और मानव कल्याण के लिए आवश्यक गुणों के रूप में आंतरिक परिवर्तन, प्रेम और करुणा के महत्व पर जोर दिया। मिशन ने हठधर्मिता और अंधविश्वास को खारिज कर दिया और आध्यात्मिकता के लिए एक तर्कसंगत और वैज्ञानिक दृष्टिकोण की वकालत की।
मिशन में कई आध्यात्मिक नेताओं ने दिशानिर्देश दिए हैं, जिन्हें सतगुरु कहा जाता है। बाबा अवतार सिंह, बाबा गुरबचन सिंह, बाबा हरदेव सिंह और वर्तमान आध्यात्मिक प्रमुख, माता सुदीक्षा जी सहित जिन्होंने इसके विकास को निर्देशित किया है। आज, मिशन सार्वभौमिक भाईचारे, आंतरिक परिवर्तन और मानवता की सेवा के मूल्यों को बढ़ावा देना जारी रखे हुए है।

वर्षों के समय के दौरान, संत निरंकारी मिशन वैश्विक आध्यात्मिक संगठन बन गया है जिसमें दुनियाभर में करोड़ों अनुयायी हैं।मिशन अपनी आध्यात्मिक प्रथाओं के साथ-साथ रक्तदान अभियान, आपदा राहत और पर्यावरण संरक्षण जैसी कई सामाजिक कल्याण गतिविधियों को शामिल करने के लिए भी विकसित हुआ है।